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Jake Sully né et grandit sur Terre. Il ne trouve pas vraiment sa place dans ce monde de violence, de publicité, de consommation excessive, et grandit en entendant parler de Pandora, planète lointaine sur laquelle les humains récupèrent un minerai pouvant résoudre la crise énergétique. Il devient un Marine, s’étant engagé pour en baver, et pensant qu’il pourrait surmonter toutes les épreuves. Il exécute notamment une mission périlleuse au Nigéria. Mais au cours d’un des conflits, il perd l’usage de ses jambes, et se voit contraint de passer le restant de ses jours dans un fauteuil roulant, puisqu’il n’a pas suffisamment d’argent pour se payer une opération.

Puis un jour, deux agents de la RDA l’approchent et l’emmènent dans un crématorium. Là, il découvre le corps de son frère jumeau, mort dans une attaque à cause d’un homme qui voulait son argent. Tom était l’un des rares scientifiques choisit pour participer au programme Avatar sur Pandora et l’un des rares à pouvoir piloter un avatar. Il représentait un très gros investissement de la part de la RDA en raison du lien qui unit le pilote et l’avatar, et du coût que représente la création d’un des corps artificiels. Puisque Jake est le frère jumeau de Tom, il a le même génome que lui, il est donc le seul à pouvoir piloter l’avatar de Tom. Les agents lui assurent qu’il y gagnera un très gros salaire, et Jake finit par accepter de remplacer Tom sur Pandora.

En arrivant sur Pandora, il rencontre Norm Spellman, un pilote d’avatar qui connaissait Tom à l’entraînement. Il rencontre immédiatement Grace Augustine, la responsable du programme qui découvre immédiatement l'incompétence sans cœur de Jake. Le lendemain, il entre pour la première fois dans son corps d'avatar, l'heure d'un procès, et redécouvre la joie qui a disparu depuis longtemps de pouvoir marcher. Mais Jake accepte également une discussion avec le colonel Miles Quaritch, qui affirme que le programme est une opération scientifique qui ne changera pas la situation. En conséquence, il propose son rôle au sein de l'équipe Avatar, mais lui rend compte. Si Jake réussit, il pourra retrouver son héritage.

Lors de sa première sortie à l’extérieur, Jake peut découvrir Pandora. Il s’éloigne un instant de son groupe, occupé dans son travail scientifique, puis s’en retrouve séparé à cause d’une course-poursuite par un Thanator. Jake échappe de peu à la mort, mais se retrouve contraint de passer la nuit dans la forêt. Le feu qu’il allume attire une meute de Loups-vipère qui s’attaque à lui, et bien qu’il en vainque quelques-uns, il reste seul contre eux tous. Il ne doit son sauvetage qu’à l’intervention de Neytiri, une jeune Na'vi qui met la meute en fuite. A sa grande surpris, Neytiri ne veut pas entendre ses remerciements et lui reproche d’être responsable de se qui s’est passé. Il la suit jusqu’au village de son peuple, l’Arbre-Maison, où il fait les rencontrent d’Eytukan et de Mo'at. Avec une certaine méfiance, ils prennent la décision de garder Jake avec eux et de lui apprendre leur culture.

La nouvelle est très bien accueillie, aussi bien par Grace qui se réjouit d’avoir une chance de renouer avec le clan que par Quaritch qui espère obtenir d’utiles informations. Dans les trois mois qui suivent, Jake apprend à comprendre les Na’vis et leur environnement, sous la tutelle sévère de Neytiri. Il apprend à monter les Equidius, à dompter les Ikrans, à chasser dans la forêt, ou à se déplacer dans les éléments. Il lui faut aussi maîtriser la langue des Na’vis, mémoriser leurs mœurs et traditions des Omaticayas, participer aux activités du clan, etc. il gagne petit à petit la sympathie du peuple, et renoue aussi avec Norm, qui était devenu de la réussite soudaine de Jake, et devient le protégé de Grace qui s’occupe de lui comme une mère. Plus le temps passe, plus il aime cette nouvelle vie et confond parfois les deux, oubliant celle d’avant, se préoccupant moins de son vrai corps, accordant d’avantage d’importance à son engament auprès des Na’vis qu’au reste. Le temps d’un bref passage à Hell's Gate et Quaritch lui fait remarquer qu’il n’a plus fait de rapport depuis plus de deux semaines. Le colonel doute sérieusement de sa détermination et lui propose de rentrer sur Terre, mais Jake explique qu’au terme de son apprentissage, une cérémonie aura lieu pour qu’il intègre le clan, obtenant ainsi l’entière confiance du peuple. Mais après cette cérémonie, Neytiri l’emmène à l’Arbre des Voix où ils s’accouplent.

Le lendemain matin, il est réveillé en sursaut par une Neytiri affolée. Des bulldozers de la RDA défrichent la forêt et s’attaque à l’arbre. Se mettre devant pour barrer le passage n’y fait rien, alors Jake ramasse une pierre par terre et frappe avec les caméras d’un bulldozer, empêchant à son pilote de continuer les manœuvres.

Mais les coups de feu l’obligent à partir et la destruction de l’arbre sacré est irrémédiable. Après cela, Jake perd quelque peu la confiance des Na’vis et surtout de Tsu’tey, déjà profondément du rapprochement entre Jake et Neytiri, qui s’acharne sur lui en apprenant l’accouplement. Mais parallèlement, Quaritch a été mis au courant et s’est rendu au secteur 26, où il coupe la liaison entre Jake et son avatar. Jake, Grace et Norm doivent répondre de leurs actes, mais rien n’y fait, Parker Selfridge prend même les propos de Grace pour une preuve de démence. Un rapport de Jake, dans lequel il déplore l’inutilité de sa mission, met fin à toute entente possible et Quaritch obtient l’autorisation de détruire l’Arbre-Maison. Jake et Grace réussissent à convaincre Selfridge de leur laisser une heure, le temps de faire évacuer le village avant l’arrivée de l’armada, mais ils ont totalement perdu la confiance des natifs. La vérité a fait jour et les Na’vis sont prêt à livrer bataille. Mais ce n’est que vaine illusion, la puissance des armes humaine est ravageuse face aux armes néolithiques des Na’vis. Ceux-ci prennent la fuite, mais ne peuvent empêcher la destruction de leur arbre qui s’effondre et s’écrase au sol, causant des dizaines et des dizaines de morts. Jake et Grace sont arrêtés et emprisonnés avec Norm Spellman pour trahison.

Ils s’évadent grâce à Max Patel et Trudy Chacon, et prennent discrètement la fuite. Mais arrivés à l’aérodrome, les ordinateurs détectent la mise en marche des moteurs du Samson 16, et Quaritch se rue à l’extérieur, sans masque, armé d’une mitrailleuse et leur tire dessus. Le Samson quitte quand-même la base, mais Grace se retrouve grièvement blessée. Ils se rendent donc au secteur 26, y prennent l’un des containers, dans lequel Jake veille sur Grace. Au petit matin, ils arrivent à l’Arbre des Âmes, où se sont réfugiés les Na’vis.

Jake regagne leur confiance après avoir su dompter l’une des créatures les plus mythiques, le Grand Leonopteryx, et les prie de bien vouloir sauver Grace. Mais la tentative échoue et la scientifique s’éteint après avoir dit qu’Eywa existe vraiment. Profondément marqué, Jake décide d’aller à l’encontre de la RDA. Avec les Omaticayas, il va à la rencontre de plusieurs clans Na’vis et les unis en une gigantesque armée. La conséquence est que Quaritch, s’étant rendu compte de cela par les images satellites, se prépare à une offensive visant à détruire l’Arbre des Âmes, pour démoraliser totalement les Na’vis. Avec quelques légers avantages tactiques et surtout la rage de vaincre comme unique bagage, Jake se sent plus que déterminé.

La début de la bataille est une grande réussite. L’effet de surprise dans les montagnes Hallelujah leur permet de prendre de cours la flotte aérienne des terriens et s’éliminer leurs adversaires. Mais la technologie humaine reprend le dessus et repousse les forces restantes à terre, tandis que les forces dans les airs se font en partie massacrer. Au cours de la bataille, Jake y perd nombre de ses amis, comme Trudy ou Tsu’tey. L'avatar de Norm est également touché. Eywa envoie alors les créatures de Pandora à l’assaut des hommes. Ces derniers ne peuvent plus que battre en retraite, au risque d’êtres éliminés. Les forces terrestres sont ainsi mises en échec tandis que l’armada aérienne se fait décimer. Jake réussit à détruire la navette Valkyrie au moment où elle voulait larguer ses explosifs sur l’Arbre des Âmes, puis à faire de même avec le C-21 Dragon. Jake doit ensuite affronter Quaritch dans la forêt, dernier survivant, et guerrier très tenace au combat. Il faut les effets combinés de Jake et de Neytiri pour en finir avec lui, et Jake humain doit aussi sa survie à Neytiri alors qu’il manquait dangereusement d’oxygène dans son unité de liaison, à cause d’une vitre brisée par Quaritch.


Après la bataille, Jake devient, suite à la mort de Tsu’tey, Olo'eyktan. Après cela, les Na’vis investissent Hell’s Gate et contraignent les humains à retourner sur Terre, aux exceptions de Max Patel et de Norm. Jake relâche aussi Toruk qui retrouve sa liberté, et il fait un dernier journal de bord, où il dit qu’il ne reviendra plus à Hell’s Gate. En effet, les Na’vis implorent Eywa dans un transfert de conscience. Il réussit, le seul et unique Jake est à présent l’avatar, pouvant être considéré comme un Na’vi.
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