Sur la planète Dakara, SG-1 découvre un artefact des Anciens, l'Arche de Vérité, qui pourrait leur permettre de stopper l'invasion de l'armée des Oris dans la Voie lactée. Malheureusement, les troupes des Oris et leur commandant Tomin débarquent, et l’équipe encerclée doit alors se rendre aux soldats ennemis. Lorsque le prêcheur des Ori se rend compte que l'objet découvert par SG-1 est inoffensif, il ordonne aux soldats d’exécuter les prisonniers. Tomin refuse d'exécuter ses ordres en raison de la parole qu'il a donnée de leur laisser la vie sauve et de la présence de Vala, sa femme qui est membre de SG-1. Le Colonel Cameron Mitchell en profite alors pour s’emparer d’une arme et tue le prêcheur.
De retour au SGC, Daniel Jackson écoute le récit de Tomin sur l’imminence de l'invasion de la Terre. James Marrick est envoyé par la CIS pour interroger Tomin, qu’il considère comme un prisonnier, alors que ce dernier souhaite aider la Terre à trouver la véritable Arche, qui se trouve sur une planète de sa galaxie. Le Colonel Mitchell se voit alors confier le commandement de l'Odyssée pour mener la mission de recherche dans la galaxie des Oris en traversant la superporte. James Marrick accompagne l'équipage en tant que représentant de la CIS.
Dans la galaxie ennemie, la situation devient très vite intenable. Une partie de SG-1 découvre enfin la vraie Arche de vérité sur la planète Celestis, mais elle est rapidement arrêtée par des troupes au sol. Pendant ce temps en orbite, Marrick exécute le véritable plan de la CIS : sacrifier le vaisseau et recréer les réplicateurs pour infester la galaxie des Oris. L'équipage de l’Odyssée va devoir se battre à la fois contre un ennemi à l'intérieur, mais aussi contre les vaisseaux Oris qui les encercle. Dans le même temps, la Terre détecte grâce au seul vaisseau terrien restant, l'Apollo, l'arrivée de sept croiseurs Oris. SG-1 doit donc agir au plus vite pour sauver la planète.
