Sur la planète des Tok'ras, SG-1 au grand complet assiste à l'extraction du symbiote de l'hôte de Ba'al, le dernier des Seigneurs Goa'ulds. Cependant, la cérémonie ne se déroule pas comme cela était prévu : Teal'c et Vala disparaissent en effet mystérieusement, alors que O'Neill est tué par Ba'al2.
Carter, Jackson et Mitchell retournent alors sur Terre, mais ne se retrouvent pas au SGC. Ils arrivent en effet dans une cale gelée d'un bateau : le Achilles, alors pris dans les glaces de l'Arctique. Ils découvrent que l'Histoire a été modifiée : en 1939, ce bateau transportait la porte des étoiles vers les États-Unis mais, dans cette réalité, il n'est jamais arrivé à bon port. En effet, Ba'al est parvenu à remonter le temps et à tuer l'équipage dont le capitaine n'est autre que le grand-père du colonel Mitchell3.
Finalement, l'équipe est secourue par l'USS Alexandria, un sous-marin nucléaire qui perce la glace de la banquise pour les récupérer4. Ils y rencontrent O'Neill, bien vivant et qui, dans cette réalité, est colonel des Forces spéciales, le programme Stargate n'ayant jamais existé. Dans cette autre réalité temporelle, les trois membres restants de SG-1 tentent en vain de convaincre l'Armée américaine de les intégrer au lancement du programme porte des étoiles. De peur qu'ils ne changent de nouveau le cours du temps, l'Armée décide de les écarter en leur donnant une nouvelle identité avec interdiction de travailler dans un domaine militaire ou spatial et de prendre contact avec les autres membres de l'équipe.
La situation est bouleversée lorsqu'ils vont devoir lutter contre la tentative d'invasion de la Terre menée par Ba'al en essayant de rétablir l'Histoire2.
