Pour Edward Wilson (Matt Damon), témoin du suicide de son père et membre des Skull and Bones, confrérie d'élite de l'université Yale, l'honneur et la discrétion sont des valeurs primordiales. L'attachement à ces valeurs le conduit à participer à des activités d'espionnage pendant la guerre, puis à entrer au lendemain de la guerre à la CIA, l'agence gouvernementale qui vient d'être créée.
Influencé par l'ambiance suspicieuse que provoque la guerre froide dans toute l'agence, Wilson se montre de plus en plus méfiant et sur ses gardes. Son pouvoir grandit, mais il a de moins en moins confiance en ceux qui l'entourent. Lorsque son fils qu'il n'a pas vu grandir lui annonce qu’il marchera dans ses pas, il prend conscience des sacrifices qu’il a faits pour sa carrière, au moment même où son nom est sur le point d'être éclaboussé par le scandale entourant le débarquement raté à la Baie des Cochons à Cuba.
